解説
士郎正宗による原作コミックを基に押井守や神山健治がアニメ化し、国内外で人気を博す作品の前日譚（たん）を描いたSFアクションアニメの第2弾。総監督に『GHOST IN THE SHELL 攻殻機動隊』の作画監督・黄瀬和哉、脚本に小説家の冲方丁、音楽をコーネリアスが担当するなど豪華スタッフが集結。草薙素子がロジコマの破壊を狙う武装集団との戦いを繰り広げる。かつて英雄と称されたソガ大佐や米軍情報部のエージェント・ヴィヴィーが草薙とどう絡み、戦うのか目が離せない。
予告編
あらすじ
501機関から独立したものの、公安9課の荒巻からの誘いを断った草薙素子。そんなある日、何者かがロジコマをハッキング。その後、荒巻からの要請でロジコマをラボに移送する草薙は武装集団から攻撃を受ける。武装集団は、難民虐殺の罪を問われている混成78部隊の元上官ソガ大佐の無実を信じ、特殊軍事モジュールで電子的作戦を断行し、ロジコマを破壊しようとたくらんでいた。
結末
草薙は地下駐車所で78部隊の操る戦車型ロボットと交戦し、危機に陥るが米軍情報部のエージェントと名乗る謎の女「ヴィヴィ−」によって助けられる。
ヴィヴィ−から軍事用モジュールの詳細を聞いた草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出たのだった。
78部隊の潜伏先であるビルを突き止めた草薙は侵入を試みるも、用意されていた防壁迷路に捉えられてしまう。そこで素子はソガ少佐のカルディスタンでの難民虐殺についての記憶が何者かによって作られた擬似記憶であることに気づく。
ビル内での戦闘でイシカワとボーマを制圧し、少佐の擬似記憶を解析して作ったワクチンを使い2人は真実を知り草薙達に協力を申し出る。
唯一逃走したバトーを追いかけるため、草薙達は交通管制ドミネーションの効果を受けない年代物のバイクと特別仕様の車で高速道路を追走。そこでサイトーが裏切りヴィヴィ−の腕を狙撃するが、草薙がサイトーの乗るヘリを対空ミサイルで撃墜する。
ここで荒巻が動き、道路全域に検問を敷き車両を全て止めるという作戦を取る。このため全車両のAIは衝突を避けるための衝突回避システム（アイサイトのようなもの）にリソースを割かなくてはいけなくなり結果的にソガ大佐の並列ネットワークの出力が低下、パンドラへのアクセスが阻止された。
計画を阻止され真実を知ったソガ大佐は自分が国防省次官に利用されていたということを知り次官を射殺後、この事件を収束させるためにネットのハブである自分を消すために自殺する。
一方バトーの乗る車両に追いついた草薙はバトーと一騎打ちの末、勝利。ワクチンを投与しバトーに真実を知らせる。
これで自体は収集されると思いきやヴィヴィーは実はAIであり、秘密裏にパンドラへとアクセスしようとしていることが発覚。草薙は操られたロジコマに捕らえられるがバトーによりヴィヴィ−の破壊に成功。
最後に「私の…ゴーストが…ささやいて…」とつぶやき停止する。
このAIは元々米軍情報部が管理していたもので謎のウイルスに感染後脱走し行方不明に、その後軍事モジュールを持ち出し国防相次官にパンドラへのアクセス権を持ちかけていた。
事件の収束後、勾留所で草薙はバトーに自分の率いる新部隊への所属を提案する。
擬似記憶に縋るバトーはこの記憶を消せるのならば、と素子への協力を承諾し牢屋を後にする。
